企業所得稅年末清繳的計算方法可以分為查賬徵收方式下的計算和核定徵收方式下的計算。
在查賬徵收方式下企業所得稅的計算方法為：企業所得稅應納稅額=全年應納稅所得額×適用稅率-減免稅額-抵免稅額-當期累計已繳所得稅額。應納稅所得額的計算可分為直接計演算法和間接計演算法。
直接計演算法下應納稅所得額的計算公式為：應納稅所得額=全年收入總額-不徵稅收入-免稅收入-各項扣除金額-允許彌補的以前年度虧損。
間接計演算法下應納稅所得額的計算公式為：應納稅所得額=會計利潤總額納稅調整專案金額。
在核定徵收（核定應稅所得率）方式下企業所得稅的計算方法為：應納稅額=全年收入總額×核定的應稅所得率-當期累計已繳所得稅額。
