補繳企業所得税的計算公式為：企業所得税的補繳額=（收入總額-不徵税收入-免税收入-各項扣除金額-允許彌補的以前年度虧損）×適用税率-已繳納的企業所得税税額。除通過直接計算法計算外，企業所得税的補繳額也可以通過間接計算法進行計算。補繳企業所得税的行為一般出現在企業所得税年度彙算清繳的工作中，即納税人在納税年度終了後依據相關的企業所得税税收法律法規規定，自行計算全年應納税所得額並確定年度應補或應退税額，然後向當地主管税務機關申報的過程。
