1、安全性不同：轉基因食用油在轉基因的過程中，可能有不可預見的基因突變，所以食用轉基因油可能會給人帶來危害；非轉基因油是天然的，安全性更高。
2、原料不同：轉基因食用油的原料是轉抗除草劑或者抗蟲基因的轉基因作物；非轉基因食用油則是採用的天然農作物。
3、營養價值不同：轉基因食用油的營養價值相對比較低，缺乏對人體有益的黃酮素；非轉基因食用油本身的營養含量成分比較齊全，有大量人類所需的不飽和酸和微量元素。
基因是生物體遺傳的基本單位，是一種控制生物性狀傳遞、變化、發育的遺傳單位。可以説是生物體具有多種多樣特徵的決定者，是生命奧祕的根源。人們藉助生物化學手段，將一種生物細胞中的基因取出來，在體外切割或重新組合，然後引入另一種生物的活細胞中，以改變另一種生物的遺傳性狀或創造一種全新的生物品種的過程，叫基因工程，俗稱“轉基因”。
轉基因大豆是從矮牽牛中克隆獲得了抗性基因(EPsPs基因)，並應用粒介導轉移脱氧核糖核酸(DNA)技術，將矮牽牛質粒(caMv)中35s啟動子控制EPsPs基因導人大豆基因組中，進而培育出抗草甘膦大豆品種。由於轉基因大豆中的粗脂肪、粗蛋白、脂肪酸、黃酮和酚酸的含量都明顯高於非轉基因大豆。並且這些物質均具有提高植物對物理環境的適應性，因此增強了植物抵禦天敵侵襲及抵抗病害的能力。
轉基因油料中的新基因對人體健康的影響是關注和研究的重點。我國有關部門的規定是：凡用轉基因油料生產的油脂，必須在標籤上註明為“使用轉基因原料”的字樣，以告知消費者。
