公積金貸款還清以後再買房也是算二套房的，公積金貸款其實和購房次數沒有直接關係，決定購房次數的只有個人或是家庭名下的房產，如果家庭名下有一套房的話買房就算是二套房的，如果沒有房產買房才能算是首套房。
1、首付比例
如果是在不限購限貸的城市裏購買的是首套房的話，即便購房者是通過商業貸款的方式來購買房屋，那麼首付比例一般在20%左右，如果是購買二套房的話，商業貸款的首付比例則為30%以上。
2、貸款難度
由於在申請貸款的時候，很多購房者都遇到過被銀行拒貸的情況，通常首套房在申請貸款的時候是比較容易的，而二套房想要申請貸款的話難度要比首套房大很多，特別是在遇到銀行資金緊張的時候，二套房的貸款是很難申請到的。
1、首套房首付更低
現在全國的住宅基本上最低首付是三成，這就是針對首套房的，如果是二套房，那麼不好意思，首付要提高，根據城市不同，首付不同，一般二套房是首付四成，大點的城市是首付六成，因為本身現在的房價就貴，所以對於買第二套房的購房者來説，提高首付是很大的壓力，如果首付六成，很多人就只能打消買第二套房的主意了。
2、首套房契税更低
本身房屋的契税都是3%，但是對於住宅有契税減免政策，所以現在的契税減免後是很低的，首套房90平以下的契税1%，90平以上的契税1.5%;二套房90平以下的契税1%，90平以上的契税2%;因為現在契税調整了，所以差距並不是很大，但是對於90平以上的二套房還是能節省一點契税，而且房價越貴，省得越多。
3、首套房房貸利率更低
現在全國的房貸利率都處於上浮狀態，成都各大銀行的房貸利率平均上浮15%，這是針對首套房的，因為利率上浮是銀行鍼對市場做出的行為，所以首套房的利率也免不了上浮，但是二套房的利率至少上浮20%-25%，所以首套房的利率較二套房的利率仍有優勢。
因為首套房的定義在每個地方都不同，有認房不認貸，認房又認貸，認貸不認房三種定義，所以自己算不算首套房，要根據當地的政策來定義。
