有很多，比如兩者的科屬不同、生長的環境不同以及所含有的營養成分不同。
我們從兩者的科屬上來講，水果木瓜屬於番木瓜科，是我們比較常見的熱帶水果之一，具有果肉飽滿、果汁鮮甜等特點；而木瓜是屬於薔薇科，是一種生長在樹上的果實，其整體的形狀比水果木瓜要大一些。
水果木瓜的生長環境是不太講究的，其可以生長在温暖濕潤的環境中，還可以生長在周圍環境差異較大的地方，而木瓜則只能生長在温暖濕潤的地方，一旦周圍的環境相差較大，就會影響其的生長；水果木瓜中含有很多膳食纖維和氨基酸等營養物質，而木瓜含有植物蛋白、鈣、鐵等營養物質。
