間諜和卧底的區別在於詞義不同、性質不同、從事人員不同等。
性質不同：間諜多指在間諜情報機構工作的特工被祕密派遣到對方地區工作，以竊密為主，多為不合法的諜報活動。間諜竊密的方式有的時候是通過合法的手段，有的時候會採用不合法的手段，主要是以竊取內容和結果為主。卧底大多是祕密潛入敵方陣營，暗中蒐集情報，幫助己方更精準的打擊敵方。
詞義不同：常説的間諜多為貶義詞，多指敵方派過來的細作，卧底多為褒義詞，多指己方派出的特工。
從事人員不同：間諜可以是從事此類工作的人員或者花錢僱傭的有此方面經驗的人員。卧底多在社會或者學員警察中選取，必須是“新”面孔。
