錦衣衞六扇門東廠的區別主要有這樣幾點。
1、機構不同。
六扇門明清時分別指刑部、大理寺和都察院。錦衣衞是明朝專有軍政蒐集情報機構，前身為明太祖朱元璋設立的“拱衞司”，後改稱“親軍都尉府”，統轄儀鸞司，掌管皇帝儀仗和侍衞。東廠，官署名。即東緝事廠，中國明代的特權監察機構、特務機關和祕密警察機關。
2、成立時間不同。
明朝萬曆年間，朝廷為了處理有關國家大事的案件，專門成立了一個集武林高手、密探、捕快和殺手於一體的祕密組織。因為這個組織的祕密性，又因為總部大殿是一個坐北朝南、東南西三面開門、每面兩扇門總共六扇，所以叫做“六扇門”。
洪武十五年（1382 年），朱元璋設置錦衣衞。初始職能為三項：其一，守衞值宿；其二，偵察與逮捕；其三，典詔獄。此三項職能在一段的時期內並未設立供其穩定實施的制度。
明憲宗時為加強特務統治，於成化十三年（1477年）於東廠之外增設西廠，與東廠及錦衣衞合稱廠衞，用太監汪直為提督，其權力超過東廠，活動範圍自京師遍及各地。後因遭反對，被迫撤銷。正德元年短暫復開五年後又被撤銷。
明成祖於永樂十八年(1420年)設立東緝事廠（簡稱東廠），由親信宦官擔任首領。東廠是世界歷史上最早設立的國家特務情報機關，其分支機構遠達朝鮮半島。
3、工作內容不同。
“六扇門”通常只接手江湖幫派鬥爭和久為官府通緝的要犯。作為皇帝侍衞的軍事機構，錦衣衞主要職能為“掌直駕侍衞、巡查緝捕”，從事偵察、逮捕、審問等活動。也有參與收集軍情、策反敵將的工作，如在萬曆朝鮮戰爭中收集了大量的日軍軍情。東廠權力在錦衣衞之上，只對皇帝負責，不經司法機關批准，可隨意監督緝拿臣民，從而開明朝宦官干政之端。
