年薪制計算個税的方法：用個人年終兑現年薪比照全年一次性獎金的規定計算繳納個人所得税，本質上指的就是個人平時取得生活費或者部分工資，應按月依照工資、薪金所得計算繳納個人所得税。於年終兑現補差部分，首先按照兑現的補差部分除以12個月。再按其商數確定適用税率和速算扣除數(如果在發放年薪的當月，僱員當月工資薪金所得低於税法規定的費用扣除額，應將發生的年薪減除“僱員當月工資薪金所得與費用扣除額的差額”後的餘額確定適用税率和速算扣除數)。
然後將年終兑現的年薪部分單獨作為一個月的工資薪金計算個人所得税：如果僱員當月工資薪金所得高於(或等於)税法規定的費用扣除額的，應納税額=僱員當月兑現的年薪×適用税率-速算扣除數;如果僱員當月工資薪金所得低於税法規定的費用扣除額的，應納税額=(僱員當月兑現的年薪-僱員當月工資薪金所得與費用扣除額的差額)×適用税率-速算扣除數。
實行年薪制單位，在一個納税年度內，對每一個納税人，該計税辦法只允許採用一次。
如果分次發放年薪的，則只能允許選擇一次按照上述規定計算個人所得税，對其他月份發放的年薪，一律與當月工資、薪金收入合併，按税法規定繳納個人所得税。
