1、珍珠龜頭部比例較小，上緣無鈎曲，中央有一小缺刻，成體可見喙，緣具細小鋸齒，這是為食植物的結果，頭頂光滑無鱗，頸部亦然。背甲長圓形，多數較扁平，也有不少隆起較高，其明顯三稜。四肢具蹼，前肢外側覆大鱗片。尾細長，幼體更長，幾乎與背甲等長。
2、珍珠龜軟體部分以灰黑色為基底色，有些略帶褐色。頭下面，即下頜與喉部、頸腹面淡黃色。在頭的兩側具若干條細長、相互平行的、鑲黑邊的淡黃色、米黃色或土黃色條紋。有些個體在頭頂兩側也有條紋，留出頭頂無斑的部位形成一菱形的圖案。在喉部，由於黃色斑紋與黃色底色相混，只有黑色鑲邊形成一些圓圈形花紋。
3、珍珠龜上喙淡黃色，像有一淺色嘴脣。眼的虹膜上有一貫穿瞳孔的黑色紋。四肢的根部淡黃色，有些帶粉紅色，有斑紋，四肢背面具黃色條紋，但不如頭頸部的清晰完整，尾背也具紋，背甲從黑色到棕色到橄欖灰色的個體特有，有的還有模糊的雲狀斑。
4、珍珠龜三條脊稜在幼體時呈鮮明的黃色，中央的色暗些；兩側較黃，但成斷續相連。在幼體時，緣盾尚具有黃色鑲邊，腹甲淡黃色，有的個體呈米黃色或發粉色。每塊盾片都有褐色至灰黑色環形斑，緣盾下方也具同樣的斑，與有些巴西龜相似。成體以後，這些斑變得很模糊，也變成了實心的斑塊。
珍珠龜喜歡温暖的氣候。生活於低海拔的水域，多棲於流速緩慢的池塘湖沼，為水棲龜類，但在岸上活動時間也不少，甚至會離水較遠，到田地中去。常在岸邊進行日光浴。
