南京的別稱有金陵、建業、石頭城、建康、天京、秦淮、升州、京師、南都等。
金陵：戰國時期，楚威王在此築金陵邑，後稱金陵。
石頭城：孫權為了發揮吳軍水軍的優勢，在清涼山上建築石頭城，作為水軍基地，所以後來的南京又被稱為石頭城。
應天府：明朝初年建都於此，名為南京，也叫應天府。
建康：為南京於六朝時期的別稱。
在六朝時期，建康城是當時世界上最大的城市，人口逾百萬，是世界上第一個人口超過百萬的城市。後到隋唐兩代，南京雖然受到北方朝廷刻意貶抑，但地理上的優勢使南京的經濟、文化不斷髮展強大。宋代的南京是中國南方地區的政治、經濟、文化中心。元代的南京成為監臨東南諸省、統領東南各道的江南行御史台駐地。
