房改房和商品房有房產證是沒有本質上的區別的，都是購房者擁有房屋所有權的合法書面憑證，其財產權利受國家相應法律法規的保護和規範，但是在使用和交易方面有着一定的區分。普通商品房的產權證書擁有全部的這四項權利，在不違反法律規定的情況下，可以自由的轉讓、出租或贈與。房改房產權證基本可分為兩種，按成本價購買的產權證和按標準價購買的產權證。
1、購買對象不同。購買房改出售的公有住房的對象是有限制的，只能是承租獨用成套公有住房的居民和符合分配住房條件的職工。而在房地產市場上購買商品住房的消費者基本上是不受任何限制的。
2、購買面積控制不同。國家對職工購買房改公有住房的面積有一定的限制，購房的數量必須嚴格按照國家和各級人民政府規定的分配住房的控制標準執行，超過標準部分一律執行市場價。
3、購買價格不同。房改售房的價格是受政府控制的，而市場上的商品住房的價格是由市場供求關係所決定的。
4、上市出售條件不同。房改房上市出售有條件要求，如幾年後才允許出售、優先出售給產權單位、出售前須原產權單位在出售徵詢表上蓋公章或不能出售等，而購買商品房上市出售無限制。
5、出售後收益分配不同。購買房改房後上市出售的收益分配是有限制的，總的原則是要給國家上繳一部分土地收益。
