1、商品房一般是房地產開發商獨立開發出來的一種產品，再通過市場營銷手段進行買賣關係來實現其價值和使用價值，它是屬於完全的市場經營行為，因此商品房的消費羣體比較廣泛、且無限制。集資房則一般是通過公司、社會團體組織來統一建設的，它是為了解決公司或社會團體組織中低收入家庭的住房問題，一般是採用先集資後建房的形式，屬於一種非市場行為。
2、集資房建設與商品房在手續的辦理上也存在一定的區別，一般房地產開發，要開發經營一般商品房必須要五證俱全，且商品房的土地屬於出讓用地，一般是通過招投標、拍賣、掛牌以及市場轉讓的方式取得;而集資房的土地是通過政府劃撥，並減免了相關税費。
1、產權沒有保證。興建集資房的單位或個人通常打着合作建房的招牌，卻不能提供國土部門批覆的合作建房合同，更不能出示預售許可證，出資方權益無法律保障。
2、出資人還要承擔下述風險：集資建房能否順利完成，首先取決於資金的籌措情況。如果資金不能準確、及時地到位，工程進度便沒有保障，工程進度延緩更加劇了資金籌措的困難。這樣的惡性循環必然導致資金一去無歸、工程遙遙無期的結局。
3、建築質量難以保證。由於某些集資建房單位的暴利動機，選擇施工隊時只能是降低標準、拼命壓價，甚至迫其帶資建設，施工企業要生存，必然偷工減料，建築質量難以保證。
4、集資房通常較難形成規模。大多是一棟或二三棟樓，由於規模小，客觀上造成管理配套難的問題。即使是簡單的清潔衞生、安全保衞都無力提供。這些都是開發商不會考慮的。
