南京有南京大學、東南大學、南京理工大學、南京航空航天大學、河海大學、南京師範大學、南京農業大學、南京郵電大學、南京藝術學院、南京工業大學、南京財經大學等53所大學。
南京大學簡稱南大，是中華人民共和國教育部直屬的全國重點大學，中央直管高校，位列雙一流A類、211工程、985工程重點建設高校。
南京大學其學脈可追溯自公元258年的南京太學，近代校史肇始於1902年創建的三江師範學堂，1920年在中國國立高等學府中首開女禁，引領男女同校之風。最早在中國開展現代學術研究，建立中國最早的現代科學研究實驗室，成為中國第一所以大學自治、學術自由、文理為基本兼有農工商等專門應用科、集教學和研究於一體的現代大學，被國際上譽為東方教育的中心。
