南京江寧區的大學有：南京航天航空大學、中國藥科大學、河海大學、金陵協和神學院、中國傳媒大學、南京醫科大學、南京工程學院、江蘇經貿學院、南京交通技術學院、江蘇海事學院、南京曉莊學院、金陵科技學院。
南京航空航天大學簡稱南航，是中華人民共和國工業和信息化部直屬的一所具有航空航天民航特色、以理工類為主的綜合性全國重點大學，是國家世界一流學科建設高校，國家211工程、985工程優勢學科創新平台重點建設高校。學校前身是1952年10月創建的南京航空工業專科學校，是中華人民共和國創辦的第一批航空高等院校之一。
中國藥科大學是中華人民共和國教育部直屬的多科性重點大學，是國家世界一流學科建設高、國家211工程和985工程優勢學科創新平台建設高校。中國藥科大學始建於1936年，原名國立藥學專科學校（本科四年制），是中國第一所由國家創辦的藥學高等學府。12000年，學校由國家藥品監督管理局整體劃轉教育部管理。2001年，江蘇省藥科學校併入學校。
