喝檸檬蜂蜜水不可空腹飲用，會對腸胃產生一定的刺激，檸檬中的酸性物質較高，不宜過量飲用，另外沖泡時禁止使用熱水，否則會破壞蜂蜜中的營養成分，每次飲用最好現飲現泡，避免影響食用口感。
不宜空腹喝檸檬蜂蜜水，檸檬中的酸性成分較高，空腹飲用會對胃部產生一定的刺激，同時在空腹飲用蜂蜜水時還會阻礙身體的正常排泄功能，因此日常需要避免空腹飲用蜂蜜水。
喝檸檬蜂蜜水雖然對於人體有很大的好處，但是一次也不要飲用過量，檸檬水的酸性物質較高，過量飲用會對腸胃造成一定的損害，每日需要控制在1000毫升以內。
檸檬蜂蜜水不能用熱水沖泡，蜂蜜遇到高温後會喪失營養成分，對於人體起不到作用效果，因此每次飲用時需用温開水沖泡，不會破壞蜂蜜中的飲用成分。
喝檸檬蜂蜜水時也能長時間浸泡，最好現泡現喝，否則會增加苦澀感，蜂蜜水也容易變質，所以最好是現泡現喝，另外檸檬打開保質期會縮短，不可長時間放置，剩餘的檸檬可以榨成汁放置冷凍室中冷藏。
