棚改房有房產證，但是會涉及一些問題，短期內不能辦理、繳納税賦不確定，改造後因此而產生了許多的二套房三套房甚至多套房，政府不易定這部分的税賦，負責棚户區改造的房地產是比較吃虧的，房地產先投入資金改造棚户區，處在資金鍊不健全的時候，是不可能負責棚户區這部分的税款的。
1、房屋質量差別
棚改房是棚户區改造房，它是指棚户區改造後建設的住房，是我國政府為改造城鎮危舊住房、改善困難家庭住房條件而推出的一項民心工程。因此棚改房只是能夠滿足困難家庭的住房，房屋的質量遠遠不如商品房那麼優異。
2、房屋產權
一般來説，棚改房並不是完全產權，即有完全的房屋所有權，卻未必有完全土地使用權。因為很多棚改房的土地性質是劃撥地，沒有繳納土地出讓金。而商品房則是完全產權，繳納了土地出讓金。因此棚改房再次交易時，可能會被要求補繳土地出讓金。
3、房屋用途
棚改房一般是因為城市土地開發等原因，給拆遷人提供住處，其安置的對象是特定的，是困難人羣。而商品房就是正常上市交易的房屋，工人們舒適居住和生活。
4、交易時間
由於棚改房是政府安置困難人羣的房屋，因此它的交易有時間限制的，在規定時間內不可以上市轉售。而商品房的交易就比較寬鬆，不受到政策的限制，只要買到手的房屋，就可以上市交易。
1、棚改房房產證短期是不能辦理的，由於各地政府要考慮到棚改房房產過多獲對商品房進行衝擊，所以會限制房產證辦理的時間，
2、繳納税賦不確定，棚改房的改造和重建後居民需要繳納契税，開放商也要求繳納一定的税額，但是有棚改房的價格一般都比商品房便宜，導致税收的標準也很難確定。
3、改造後有的居民擁有多套棚改房，政府對於這部分就會收取高價的税額，但也難以避免因棚改房而出現的爆發户，所以棚改房的税賦怎麼徵收也是一個問題。
