主要原因包括過户費太高、手續繁瑣、貸款額度低且年限短、地段不好、可能存在糾紛。
1、過户費太高。二手商鋪在進行過户的時候，税費以及過户費都會比新買的高出很多，在投資的時候一定要確認好是否值得投資。
2、手續繁瑣。在辦理過户時過户手續會比較繁瑣，所以在購買時一定要提前諮詢清楚，而且要請專業的律師擬定合同。
3、貸款額度低且年限短。購買二手商鋪時，貸款的最高額度為商鋪總價的50%，而且貸款的年限也比較短，所以還款壓力較大。
4、地段不好。有些二手商鋪出售是因為該地段不好導致的生意不景氣，即便購買了該商鋪，後期的運營也會出現問題。
5、可能存在糾紛。二手的門市出售可能是前業主存在其他的經濟糾紛，房屋有可能被處於抵押狀態，所以在購買的時候需要提高警惕。
不管是房屋買賣還是門市房買賣，都需要涉及到過户手續的辦理，一般在購房者購房後，由買賣雙方或售房單位代理到住房所在地房產和土地管理部門辦理過户與產權轉移登記手續。門市房交易過户亦不例外。要準備好相關材料：
1、首先就是申請表，門市房的出售是需要申請表的，而且是原件；買賣雙方的身份證件證明，如果涉及有共有產權人的話，還需要其身份證明；房屋權證（涉及共有的需提供同時提供房屋權證和共有權證）（原件及複印件）；土地使用權證（複印件，持原件核對）；房地產買賣契約（原件）。
2、買家支付的税費為：房地產交易的手續費：3元／平方米。房屋登記費：550元／本（每增加一本證書按每本10元收取工本費）。權證印花税：5元／本。印花税：房屋產價的0．05％。契税：交易價（或評估價）×3％。賣家支付的税費：房地產交易手續費：3元／平方米。印花税：房屋產價的0．05％。土地税。
3、個人所得税：據實徵收為（轉讓收入－房產原值－合理費用）×20％，核定徵收為轉讓收入×7．5％×20％。轉讓收入－房產原值－合理費用的值，相當於個人淨收入。營業税及附加税：可提供上手購房的，為（轉讓收入－上手價）×5．5％。不能提供上手的，為轉讓收入×5．5％。税費為差額的5．56％。
4、土地出讓金：商業用途用房，按其網格點基準地價的35％計收；商業路線價區段路的商業臨街宗地，加收路線價的10％；用途用房按其網格點基準地價的30％計收。土地出讓金契税：按本次徵收土地出讓金價款的3％徵收。
