發票存根聯的保存期限是五年。法律依據：根據《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第二十九條規定：開具發票的單位應當按照税務機關規定存放和保管發票，不得擅自損毀。已開具的發票存根聯應當保存5年，保存期滿，報經税務機關查驗後銷燬。
開具發票後的記賬聯作為記賬原始憑證附件保存，所以同憑證保管年限一樣是30年。
同時，《中華人民共和國發票管理辦法》第三十六條丟失發票以及擅自損毀發票的，由税務機關責令改正，可以處1萬元以下的罰款；情節嚴重的，處1萬元以上3萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收。
發票是指一切單位和個人在購銷商品、提供或接受服務以及從事其他經營活動中，所開具和收取的業務憑證，是會計核算的原始依據，也是審計機關、税務機關執法檢查的重要依據。
存根聯用途：一般是指已開具的發票用來存檔的，發票聯是給對方用來做賬的，抵扣聯是給對方用來抵扣進項税額的，記賬聯是自己開完發票後用來記賬的。
存根聯放入記賬憑證裏，按規定是不應該另外保存，應由單獨保管備查。
