一般來説，商住兩用房50年產權到期之後，是可以申請續期的。但是需要繳納一定比例的土地出讓金來延續使用年限。
通常都是需要向管理部門申請，通過審批之後交納一定的費用續期。
根據相關規定，土地使用權出讓合同約定的使用年限屆滿，土地使用者需要繼續使用土地的，應當至遲於屆滿前一年申請續期，除根據社會公共利益需要收回該幅土地的，應當予以批准。經批准准予續期的，應當重新簽訂土地使用權出讓合同，依照規定支付土地使用權出讓金。
即便國家批准了續期，對於採用何種方式續期，新的年限怎麼制定，續期費用的標準如何，各方也存有爭議。根據現有法律來看，商住兩用房50年產權到期後很可能會由業主繳納土地使用金；也不排除以後也像住宅一樣自動續期，而且有可能不用繳費。
商住兩用房，不僅使其正常的生活因“商”而受到影響，而且包括物為公用部分的費作和維修費等都要與“商人們”平攤，這本身就是損害了業主的權益。
商住混合對追求高舒適度的純居住業主來主，會帶來很多不安全和不安定的因素。商住兩用樓存在安全及消防隱患。
在目前的消防管理法規及條例中，雖有關於商住樓的規定，但指的是傳統意義上的“底部商業營業廳與住宅組成的高層建築”，而非“既可居住又可用於辦公”的商住兩用樓。該消防標準規定，住宅只需設消火栓系統，商業營業廳和辦公樓則還需按具體需要配置火災自動報警系統和自動噴淋系統。
從建築裝飾材料來説，辦公樓的裝修檔次高，可燃物較多，電和天然氣的用量較大，防火規範較住宅嚴格。因此，對於商住兩用樓，如果開發商對其規劃用途報建的是住宅，並按住宅消防標準審核，無疑是存在一定的消防隱患。
會給物業管理增加難度和成本，同時影響物業管理的品質，從面影響項目的品質，大幅降低住宅的居住質量以及安全感、舒適度。另外，純住宅社區要做小區配套，如幼兒園、國際學校、雙會所等，而如果做商住，就可以不做配套或少做配套。
商住兩用房是不能進行户口落户的，不能劃分學區，首付比例較高。
