木耳的浸泡時間不是固定的，它與浸泡木耳時所用的水温有直接關係。 水温越高，真菌浸泡所需的時間越短； 水温越低，菌類的發酵時間越長。 在正常情況下，將木耳浸泡在冷水中需要四五個小時。木耳可以直接用冷水浸泡，最好把它放在陰涼的地方，或者冰箱的冷藏室。也可以用淘米水和熱水浸泡。淘米水可以幫助吸附髒東西，熱水泡發可以節省時間，但是水温不能超過60℃。
木耳泡多久有毒這個並沒有特定的時間，但是如果泡發超過24小時後，不管是否變質都要扔掉。當黑木耳泡發環境温暖潮濕（尤其是夏天），時間長了可能會產生生物毒素並迅速繁殖到“有毒劑量”，或者在泡發過程中會變性 ，大量繁殖，這個時候吃，很可能會中毒。輕者為嘔吐、腹瀉，重者為器官衰竭。 黴菌毒素非常有害，最常見的是黃麴黴毒素。
1、泡木耳最好用30到40度的温水，效果最好。太熱會影響木耳的口感，泡出來不好吃，還會造成營養流失。太冷泡發較慢，起泡不是特別乾淨。
2、木耳浸泡時，在水中加入適量的糖和麪粉，木耳浸泡的更快更乾淨。白糖可以促進木耳吸水，加快起泡速度； 而麪粉可以吸附木耳表面的污垢。 用糖和麪粉泡的木耳個頭大，乾淨，很好吃。
3、浸泡木耳時，最好將木耳放入密閉容器中，然後搖晃2分鐘。 這樣可以加速木耳與水分子的接觸，使木耳迅速浸泡。
