阿膠糕可以真空保存，能延長保存時間。 抽真空後的阿膠糕不能與空氣接觸，不會氧化變質。 自制的阿膠糕真空包裝後的保存時間一般為60-90天。 如果是機械化生產，嚴格真空包裝的話可存放180天。阿膠糕的保質期一般為3年，如果存放在陰涼乾燥處，一般可以存放更長時間。只要從外面看沒有變形，有輕微的腥味，表面光滑透亮。 一般來説是沒有問題的。
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阿膠糕經真空密封后需要存放在冰箱中，尤其是夏天。因為夏天氣温高，阿膠糕在常温下容易融化，也就容易粘在包裝袋上。吃的時候不容易撕，比較粘。剛做好的阿膠糕可以在冰箱的冷凍層進行冷凍定型，但時間不宜過長。而且阿膠糕含有豐富的糖分和水分，在適宜的温濕度條件下容易滋生細菌和變質。 當然，如果室温較低，也可以直接存放在陰涼乾燥處。
太硬或太軟的都不太好，硬度適中的阿膠糕最適合。太硬的阿膠糕可能是烹飪時間過長或阿膠用量過多造成的，可先用熱水泡一會或蒸幾分鐘再吃； 太軟的阿膠糕可能是煮的時候加入黃酒或水量太大，可以回到鍋裏煮一會兒，使水分蒸發。
