蜂巢蜜和普通蜂蜜從生產方式、生產週期到食用方法都有區別，通過對比蜂巢蜜和普通蜂蜜的生產方式及生產週期，可以看出蜂巢蜜營養成份和活性物質比普通蜂蜜要高得多。另外，由於蜂巢蜜未經人為加工，不易摻雜使假，較分離蜜酶值含量高，所以是比分離蜜更高級的營養性食品。蜂巢蜜含有豐富的生物酶、維生素、多種微量元素，是一種老幼皆宜、甘甜可口、營養豐富的保健食品。
1.生產方式不同
普通蜂蜜一般是不等整張蜜脾的蜂巢全部封蓋，用刀割掉封蓋部分，再用搖蜜機甩出來，收集到一起。蜂巢蜜是經蜜蜂釀製成熟並封上蠟蓋的蜜脾，由蜂巢和蜂蜜兩部分組成的一種成熟蜜，也稱封蓋蜜。
2.生產週期不同
普通蜂蜜是蜜蜂採集花蜜在蜂巢釀造7-10天的自然成熟蜜，一般來説濃度達到41°就可以取蜜了，而生產蜂巢蜜從蜜蜂採蜜到蜂巢封蓋至少需要一個月，甚至更長的時間。 
3.食用方法有區別
吃蜂巢蜜先用勺子或者刀子取一小塊蜂巢蜜放入口中，猶如口香糖，嚼之有物，吮之有味，甘美爽口，再嚼至沒有蜜味後吐出蜂蠟，蜂蠟也是一味中藥，不下心吃下一點也無所謂，沒有任何副作用。普通蜂蜜的最佳食用方法就是用40℃温開水衝蜂蜜水喝，而蜂巢蜜的蜂巢主要成分是蜂蠟，不溶於水，所以蜂巢蜜不能衝蜂蜜水喝。
